Der Anbau von Zwischenfrüchten bringt bekanntlich einige pflanzenbauliche und auch ökologische Vorteile mit sich. Bei sorgfältiger Auswahl der Zwischenfrüchte in Abstimmung mit den Hauptkulturen in der Fruchtfolge kann die Ausbreitung von Krankheiten und Schädlingen verhindert werden. Ebenso besitzen insbesondere schnellwachsende Pflanzenarten ein gutes Unkrautunterdrückungsvermögen und können somit den Konkurrenzdruck für die nachfolgende Hauptkultur mindern. Zudem können insbesondere Mischungen aufgrund ihrer großen Wurzelmasse in unterschiedlichen Bodenschichten die Bodenstruktur positiv beeinflussen. Eine wesentliche Aufgabe der Zwischenfrüchte besteht darin, die Nährstoffe (vornehmlich Stickstoff) über den Winter in ihrer Biomasse zu konservieren und somit Auswaschungsverluste zu reduzieren und damit zum Grundwasserschutz beizutragen. Zudem schützt die geschlossene Pflanzendecke vor Bodenerosion.
Häufig werden Sommerzwischenfrüchte angebaut, deren Aufwuchs nicht zu Futterzwecken genutzt wird. Sie sind in der Regel frostempfindlich und sterben über Winter ab. Die abgestorbene Pflanzenmasse wird dann im Frühjahr vor der Bestellung der nachfolgenden Hauptkultur in den Boden eingearbeitet oder verbleibt als schützende Mulchschicht auf der Bodenoberfläche. Diese organischen Pflanzenrückstände dienen der Humusanreicherung im Ackerboden. Durchschnittlich werden somit pro Hektar Zwischenfruchtanbau durchschnittlich 0,16 t Kohlenstoff im Jahr im Boden gespeichert. Dies entspricht mehr als einer halben Tonne CO2. Damit kann der Zwischenfruchtanbau auf 10 Hektar die Emissionen von mehr als 22.000 km Autofahrt kompensieren. Die konsequente und dauerhafte Integration von Zwischenfrüchten an passenden Stellen in der Betriebsfruchtfolge kann damit neben den vielen agronomischen Vorteilen zudem einen wertvollen Beitrag zum Klimaschutz leisten.