Die Kulturpflanzen werden im Ökologischen Landbau in erster Linie indirekt über die Düngung des Bodenlebens bzw. des Bodens ernährt. Wesentlich für die Humus- und Nährstoffwirtschaft sind eine ausgewogene Fruchtfolge mit angemessenen Leguminosen- und Zwischenfruchtanteilen sowie die sorgfältige Pflege und Anwendung betriebseigener Wirtschaftsdünger. Ein wichtiges Gestaltungselement zur termingerechten und verlustfreien Bereitstellung von Nährstoffen ist auch die Bodenbearbeitung.
Zur Sicherung von Ertrag und Qualität insbesondere bei Hackfrüchten und Gemüse und auch, um den Vorrat an pflanzenverfügbaren Nährstoffen nicht in kritische Bereiche absinken zu lassen, werden zum Teil Zukaufdüngemittel eingesetzt. Deren Einsatz wird durch die Richtlinien des Ökologischen Landbaus allerdings stark eingeschränkt bzw. reglementiert. Angestrebt werden möglichst geschlossene Nährstoffkreisläufe unter Einbezug regionaler Nährstoffflüsse und unter Vermeidung unproduktiver Verluste.